Theo lực lượng Hổ Tamil trong một thông cáo gửi đến báo chí, Pathmanathan bị bắt ngày 5 tháng 8 năm 2009, gần một khách sạn ở Kuala Lumpur, Malaysia. Một trang web thân Hổ Tamil nói Pathmanathan đã đến khách sạn này để gặp thân nhân của nhân vật lãnh đạo chính trị Hổ Tamil bị bắn chết, Balasingham Nadesan. Ông ta rời khỏi phòng để trả lời một cú điện thoại và không thấy quay lại. Thủ tướng Malaysia Najib Razak không thể xác nhận hay phủ nhận nguồn tin này. "Tôi không có đầy đủ mọi dữ kiện. Tôi phải xem lại đã," ông nói.[6]

Tờ Sri Lanka Island, trích thuật nguồn tin dấu tên, Pathmanathan bị bắt ở Thái Lan.[7] Phát ngôn viên chính phủ Thái Lan Panitan Wattanayagorn bác bỏ[3] việc ông này bị bắt tại đây nhưng cũng cho biết "có tin nói rằng ông này đã từng nhiều lần ra vào Thái Lan."[8] Theo một nguồn tin tình báo quân đội Thái Lan, Pathamanathan đã sử dụng giấy tờ giả trốn lánh ở vùng Bắc nước này từ mấy tháng trước đó. Giới hữu trách Sri Lanka thẩm vấn Pathmanathan ngày 7 tháng 8 sau khi ông này bị đưa về đảo quốc này tới Colombo.[9] Nơi ông bị bắt giữ không dược chính quyền Sri Lanka tiết lộ.[10]